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hCov-229E-Panel Pseudovirus Standard Reference

CBV30026

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I. 背景

HCoV-229EHCoV-OC43都是在1960年代发现的,多年来一直被公认为引起普通感冒的原因,并在一生中引起频繁的再感染。在成年人中,这些病毒每年占急性呼吸道疾病的 4%15%,在高峰期高达35%。儿童的年发病率达到8%,最高发病率高达20%。据报道,成人中229EOC43病毒的感染频率为每年每1001525人不等,其中有80%的感染者是先前具有该感染病毒抗体的人。

根据CDCWHO的介绍,针对HCoV-229E的核酸酸诊断一般是针对RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene E, Gene S更多用于对应药物和疫苗的开发。NCBI收录序列为NC_002645.1,全长27317bp,基因编码4个结构蛋白:SMNE

以往针对试剂盒检测限的性能评价,一般是选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品,用于性能评价。但是两者都具有很明显的确定,首先体外转录的RNA,一般是很纯,单一,不涉及提取,不符合临床病毒的微环境,因此必然造成检测灵敏度被高估,这也是存在高概率假阴性的主要原因;再次临床阳性病毒,即使是灭活的病毒,也是存在很大的生物安全隐患,因此要求实验室级别为P3-P4,大部分开发诊断试剂盒单位都不满足改要求,另外临床阳性病毒也是来源很有限,不能被稳定供应,反复用于试剂盒的性能评价。

 
II.产品描述

有病毒的完整包膜结构,有HCoV-229E对应的核酸序列,但是生物安全风险较低的假病毒标准品,完美的克服了选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品的缺点,非常适合用于核酸诊断性能评价的标准品

构建过程:HCoV-229E基因合成→假病毒包装→纯化→QC检测(ddPCR)

 
III. 产品介绍
产品名称: hCov-229E-Panel Pseudovirus Standard Reference
对应序列(详情见附录):

ORF1ab/RdRP(2780bp)、Gene N(1170bp)、Gene E(234bp)

产品规格: 1ml
拷贝数:  
生物安全级别: P2
运输与保存方式: 干冰运输,-90 ~ -70°C保存
有效期:  
 
IV. 产品用途与优势
产品用途: HCoV-229E诊断试剂盒性能评价
产品优势: • HCoV-229E的假病毒标准品,区别于以往体外合成的RNA、临床阳性活病毒,完美克服两者的缺点,真正适合用于试剂盒的性能评价,包含检测限、特异性,重复性等;

• 根据HCoV-229E冠状病毒的特点,选取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合计3个区段的序列,用于假病毒的包装,3个区段很好的表征了HCoV-229E的特征序列;

• 公海赌赌船官网jc710设计了ddPCR体系的引物、探针序列,可不需要构建标准曲线的前提下完成对假病毒的QC拷贝数检测,非常准确表征标准品的拷贝数,而且克服了Q-PCR分析CT值的相对判断标准的不准确性;

• 假病毒标准品,无致病性,可再生,质控方法可靠,批次间稳定,可以长期稳定制备和供应,而且要求实验室生物安全级别为P2,满足很多单位的安全需求。

 
Ⅴ. 附录

ORF1ab/RdRP:

1 agttttgata gcagttattt aaacgagtca ggggctctag tgccgctcga ctagagccct
       61 gtaatggtac agacatagat tactgtgtcc gtgcatttga cgtttacaat aaagatgcgt
      121 cttttatcgg aaaaaatctg aagtccaatt gtgtgcgctt caagaatgta gataaggatg
      181 acgcgttcta tattgttaaa cgttgcatta agtcagttat ggaccacgag cagtccatgt
      241 ataacttact taaaggctgt aatgctgttg ctaagcatga tttctttact tggcatgagg
      301 gcagaaccat ttatggtaat gttagtagac aggatcttac taaatacacc atgatggatt
      361 tgtgcttcgc tctgcgtaac tttgatgaaa aagattgtgg agtttttaag gagatattgg
      421 ttcttactgg ttgttgtaat actgattact ttgaaatgaa gaattggttt gaccccatag
      481 aaaatgagga catacaccgt gtgtatgctg ctttaggcaa ggtagttgca aatgcaatgc
      541 ttaagtgtgt tgctttttgc gacgaaatgg tgctcaaagg agttgttggt gttttgacct
      601 tagacaacca agatcttaat gggaatttct atgacttcgg tgattttgta ttgtgtcctc
      661 ctggaatggg aataccctac tgcacgtcat actatgctta tatgatgcct gttatgggta
      721 tgactaattg tttagctagt gagtgcttta tgaaaagtga catctttggt caagacttca
      781 aaacttttga tttgttgaaa tatgatttca cagaacataa ggaggttttg tttaacaagt
      841 actttaagta ttggggacag gattatcatc ctgattgtgt tgattgccat gacgagatgt
      901 gtattttgca ttgttcaaat tttaacacac tcttcgcaac cacaattcca aacacagctt
      961 ttggacctct gtgcagaaaa gtgtttattg atggtgtacc cgtagttgct actgctggtt
     1021 accactttaa acaattagga cttgtgtgga acaaagatgt taacacccat tctaccagac
     1081 ttactattac tgaactctta cagtttgtga cagatccaac gcttatagtt gcgtcatcgc
     1141 ctgccttggt ggacaaacgc actgtttgtt tttctgtcgc tgctttgagt acaggattaa
     1201 catcccaaac agtaaaacct ggccatttta ataaggagtt ttatgacttc ttacgttctc
     1261 aagggttttt cgatgagggt tcagaattaa cattgaagca tttctttttt acacaaaagg
     1321 gtgatgctgc aattaaagat tttgattatt atcgttacaa cagacctacc attctggata
     1381 ttggacaagc tcgcgtagca tatcaagtgg cagctcgcta ttttgactgt tacgagggtg
     1441 gctgtattac atctagagag gttgttgtta caaaccttaa taaaagcgct ggttggcccc
     1501 ttaataagtt tggtaaagct ggtttatatt atgagtctat tagttatgag gaacaagatg
     1561 ctattttttt attaacaaag cgtaatattc tccctactat gactcagtta aatcttaaat
     1621 atgccatatc tggtaaggaa cgtgcacgta cagtgggtgg cgtctcttta ttagctacta
     1681 tgactacacg acagtttcat cagaaatgtc taaaatccat agtagctacc agaaatgcca
     1741 ctgttgttat cggcactacc aagttttatg gcggttggga taatatgtta aagaacctga
     1801 tggccgatgt tgacgatcct aaattgatgg gatgggacta tcctaagtgc gatagagcta
     1861 tgccctcaat gattcgtatg ttgtcggcta tgattttagg ttctaagcat gtcacatgtt
     1921 gtacggctag tgataaattt tatagactta gtaatgagct tgctcaagtt ttgaccgagg
     1981 ttgtttattc aaatggtggg ttttatttta aacctggtgg tacaacttct ggtgatgcaa
     2041 ctacagccta cgccaattct gtctttaata tatttcaggc tgtaagttct aacattaatt
     2101 gcgttttgag cgttaactcg tcaaattgca ataattttaa tgttaagaag ttacagagac
     2161 aactctatga taattgctat agaaatagta atgttgatga atcttttgtg gatgactttt
     2221 atggttattt gcaaaagcat ttttctatga tgattctttc tgatgatggt gttgtgtgct
     2281 ataataaaac ttatgctgaa cttggttaca ttgctgatat tagtgctttt aaagccactt
     2341 tgtattatca gaatggtgtg tttatgagta cagctaagtg ttggactgag gaagatcttt
     2401 ctataggacc tcatgaattt tgctcacagc acactatgca gattgtagat gaaaatggta
     2461 agtattatct accatatcca gatcctagcc gtattatttc tgctggtgtt tttgtggatg
     2521 acgtcactaa gactgatgct gtcattcttt tggaacgcta tgtttctctg gctatagatg
     2581 catacccatt gtctaagcat cctaaacctg agtacaggaa ggtgttttac gcattgttag
     2641 attgggttaa acatctcaac aagactctta acgaaggtgt tttggagtct ttttctgtta
     2701 cacttttaga tgaacatgag tctaagtttt gggatgaaag cttttatgct agtatgtatg
     2761 agaagtctac agtattacaa

 

 

Gene N:

atggc tacagtcaaa tgggctgatg catctgaacc acaacgtggt cgtcagggta
    25741 gaatacctta ttctctttat agccctttgc ttgttgatag tgaacaacct tggaaggtga
    25801 tacctcgtaa tttggtaccc atcaacaaga aagacaaaaa taagcttata ggctattgga
    25861 atgttcaaaa acgtttcaga actagaaagg gcaaacgggt ggatttgtca cccaagctgc
    25921 atttttatta tcttggcaca ggaccccata aagatgcaaa atttagagag cgtgttgaag
    25981 gtgtcgtctg ggttgctgtt gatggtgcta aaactgaacc tacaggttac ggtgttaggc
    26041 gcaagaattc agaaccagag ataccacact tcaatcaaaa gctcccaaat ggtgttactg
    26101 ttgttgaaga acctgactcc cgtgctcctt cccggtctca gtcgaggtcg cagagtcgcg
    26161 gtcgtggtga atccaaacct caatctcgga atccttcaag tgacagaaac cataacagtc
    26221 aggatgacat catgaaggca gttgctgcgg ctcttaaatc tttaggtttt gacaagcctc
    26281 aggaaaaaga taaaaagtca gcgaaaacgg gtactcctaa gccttctcgt aatcagagtc
    26341 ctgcttcttc tcaaacttct gccaagagtc ttgctcgttc tcagagttct gaaacaaaag
    26401 aacaaaagca tgaaatgcaa aagccacggt ggaaaagaca gcctaatgat gatgtgacat
    26461 ctaatgtcac acaatgtttt ggccccagag accttgacca caactttgga agtgcaggtg
    26521 ttgtggccaa tggtgttaaa gctaaaggct atccacaatt tgctgagctt gtgccgtcaa
    26581 cagctgctat gctgtttgat agtcacattg tttccaaaga gtcaggcaac actgtggtct
    26641 tgactttcac tactagagtg actgtgccca aagaccatcc acacttgggt aagtttcttg
    26701 aggagttaaa tgcattcact agagaaatgc aacaacatcc tcttcttaac cctagtgcac
    26761 tagaattcaa cccatctcaa acttcacctg caactgctga accagtgcgt gatgaagttt
    26821 ctattgaaac tgacataatt gatgaagtaa actaa
 
 

Gene E:

a tgttccttaa gctagtggat gatcatgctt
    24781 tggttgttaa tgtactactc tggtgtgtgg tgcttatagt gatactacta gtgtgtatta
    24841 caataattaa actaattaag ctttgtttca cttgccatat gttttgtaat agaacagttt
    24901 atggccccat taaaaatgtg taccacattt accaatcata tatgcacata gaccctttcc
    24961 ctaaacgagt tattgatttc taa

 

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