【新品上线】多重病原菌质控品

多重病原菌检测是一种先进的诊断技术，它能够同时检测和识别多种病原体，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等。这种检测方法在感染性疾病的诊断中发挥着至关重要的作用，特别是在病原体多样且复杂的情况下，能够快速准确地确定病原体，从而制定有效的治疗方案。

病原宏基因组高通量测序技术（mNGS）作为一种新型的基因水平检测技术，无需预设、无需培养、无偏好性，能够全面检测标本中的所有病原体遗传物质（包括DNA和RNA），并进行高通量测序。基于生物信息学算法，该技术可以与病原数据库进行比对分析，鉴定样本中病原微生物的种类及功能信息，为临床抗感染提供精准的病原学证据。

为了规范病原宏基因组高通量测序技术在临床本地化检测中的应用，中国药师协会、中华医学会细菌感染与耐药防治分会、国家卫生健康委临床抗微生物药物敏感性折点研究和标准制定专家委员会等权威机构，于2024年1月在《中华预防医学杂志》联合发表了《病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识》。该共识在实验室符合国家相关政策法规以及保证检测方法性能可靠的前提下，对如何在本地开展mNGS检测提出了具体指导意见。

干实验的性能确认

当生物信息学分析流程建立后，需对其进行性能确认，可以通过三类数据集进行：（1）临床标本测序数据集：注释充分、特征明确的临床标本测序数据（FASTQ或其他格式）；（2）计算机模拟测序数据：利用序列模拟软件模拟生成测序数据集，要求既要具有与真实测序数据质量相同/相似的技术参数（文库片段长度分布、测序模式、测序错误类型及频率、测序质量值、测序深度等），也要尽可能对临床标本的背景成分信息如宿主核酸、微生物和试剂背景核酸等进行模拟；（3）组合数据集：利用序列模拟软件定量模拟一种或多种目标病原体的测序数据，然后将模拟序列添加到目标病原体阴性标本的真实测序数据中，形成接近临床标本的模拟数据集。利用上述数据开展性能确认，确定干实验流程的主要性能指标，包括准确率、精确率、召回率和 F1-Score（即精确度和召回率的调和平均值）等。如果在比对过程中出现寄生虫的假阳性结果（寄生虫为真核生物，与宿主序列相似度较高，且部分寄生虫基因组数据中存在人源序列的污染），需要考虑设置更高的阳性汇报阈值或者对相应寄生虫的基因组数据进行清洗。常见的寄生虫汇报阈值为与阴性对照相比RPM 达到 10 倍以上，基因组数据清洗常采用把目标寄生虫基因组单独与人基因组比对并去除高度同源的序列。

全流程的性能确认

确认 mNGS 湿实验和干实验全流程对病原体的检测能力是否能够达到临床预期用途。在全流程性能确认中至少应包括革兰阳性菌、革兰阴性菌、分枝杆菌、丝状真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA病毒、寄生虫，同时应关注胞内菌和难破壁的病原微生物。

性能确认参数可参考《分子诊断检验程序性能验证指南》、《临床微生物培养、鉴定和药敏检测系统的性能验证》、《病原宏基因组高通量测序性能确认方案》等，建议实验室 mNGS 检测系统应对方法符合率、交叉反应、精密度、准确度、检出限、抗干扰能力（如针对高人源标本）、稳定性等性能参数进行确认。

样品盘的制备

样品盘要包含模拟参考品和已知病原检测结果的真实临床标本。样品盘的设置应严格遵循临床预期用途所涉及的标本类型，所含微生物应有代表性，尽可能覆盖预期用途中的病原体。标准微生物菌株可以选用ATCC或CMCC菌株等。应根据不同标本类型来合理地设置模拟参考品中的人源细胞浓度（如支气管肺泡灌洗液的人源细胞浓度中位数为 10⁵cells/ml）。模拟参考品中应至少包含革兰阳性菌、革兰阴性菌、丝状真菌、酵母菌、分枝杆菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生虫共 8 类病原微生物。在制备模拟参考品前，针对所有待投入微生物进行最低检出限（limit of detection， LoD）研究并确认是否能满足预期用途中对检测性能的要求。

......